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1. Arisi I, Rosato V, Cattaneo A Direct and reverse simulations of signal transduction pathways in PC12 cell Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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2. Bartocci E, Moeller S, Toldo L, Merelli E Integration of EnsEMBL with BioAgent Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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3. Blasi MF, Bignami M, Giuliani A, Casorelli I A new approach to identify genetic networks using microarrays data Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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4. Brannetti B, Helmer-Citterich M Comparison of different tools for the prediction of protein interaction specificity Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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5. Bultrini E, Pizzi E, Del Giudice P, Frontali C Symmetry properties of pentamer usage in non-coding DNA Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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6. Corà D, Provero P, Caselle M Finding regulatory elements in eucaryotes: a statistical approach using Gene Ontology Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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7. Davassi A, Petrillo M, Paolella G Sequence analysis with CAPRI, a web-desktop application Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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8. Emerson A, Liuni S, Castrignanò T, Rossi E Plan for a National Infrastructure in Bioinformatics Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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9. Lanzarato F, Iazzetti G, Caserta E, Botta M, Franceschinis G, Calogero RA RRE & ClAW: two new java tools for microarray data mining Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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10. Papaleo E, Santarossa G, Vai M, Fantucci P, De Gioia L Structural model for Gas1p family members by combined threading and secondary structure prediction methods Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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11. Pugliese L Annotation of EST sequences by a structural bioinformatics approach Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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12. Temussi PA The Mechanism of Interaction of Sweet Proteins with their Receptor: Modelling the Complexes Meeting: BIOCOMP 2003 - Year: 2003 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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13. Bultrini E, Pizzi E, Del Giudice P, Frontali C Extraction of a pentanucleotide vocabulary shared by introns and intergenic elements Meeting: BIOCOMP 2002 - Year: 2002 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Missing |
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14. Bersani E, Aluffi-Pentini F, De Fonzo V, Parisi V La cellula virtuale: dalla genomica alla proteomica. Reti metaboliche e reti proteiche. Meeting: BIOCOMP 2000 - Year: 2000 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Il Progetto Genoma, finalizzato al sequenziamento dell'intero genoma umano, sta fornendo delle utili indicazioni sulla struttura e la regolazione del DNA umano e permettera' la completa mappatura di tutti i geni e la loro distribuzione sui singoli cromosomi. Per comprendere tuttavia la funzionalita' del genoma, sara' necessario individuare le proteine codificate e comprendere le loro reti di interazioni nei vari compartimenti cellulari per completare la comprensione del ciclo vitale della cellula e poterne capire a fondo i malfunzionamenti legati a disfunzioni metaboliche e ai tumori. Le reti piu' semplici da studiare sono quelle metaboliche, mentre le reti di interazione tra enzimi sono molto piu' intricate. Il nostro gruppo ha cominciato uno studio finalizzato alla implementazione della cellula virtuale. Il primo passo di questo studio e' stata la simulazione di una cascata di chinasi/fosfatasi in interazione (BIOCOMP1999), limitandosi a problemi adimensionali, ossia trascurando lo spazio (trasporto e diffusione). Queste cascate di chinasi/fosfatasi fanno sì che specifici segnali provenienti da un recettore di membrana vengano trasdotti verso il nucleo. I risultati ottenuti con questa simulazione (in termini di variabili dinamiche che quantificano la concentrazione dei singoli enzimi considerati, inattivi o attivati) sono promettenti e stiamo estendendo i modelli per includere oltre alla rete metabolica, altre interazioni proteiche e la trasduzione del segnale all'interno del nucleo cellulare. In un prossimo futuro prenderemo in considerazione anche la struttura tridimensionale per studiare fenomeni quali quelli legati alle onde e alle oscillazione del calcio. La costruzione di questa "cellula virtuale", permettera' di studiare fenomeni, quali l'apoptosi e il ciclo cellulare, per cercare di comprendere l'insorgenza di malattie neurodegenerative e di tumori. Il modello esteso permette di includere i fattori di trascrizione che determinano l'espressione genica specifica del tipo cellulare e di capire come l'attivita' all'interno del nucleo influenzi la funzionalita' del genoma umano al di la' della sua semplice suddivisione in regioni codificanti e non codificanti. |
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15. Filippini F, Rossi V, Picco R, Floriduz M, Naccari T, Carpi A, Budillon A, Vacca M, Gianfrancesco F, Ciccodicola A, D'Urso M From comparative genomics to ‘molecular bioinformatics’: an integrated approach to functional genomics Meeting: BIOCOMP 2000 - Year: 2000 Full text in a new tab Topic: Others Abstract: Despite several genomes have been largely or completely sequenced, we are still far from a 'whole proteome' functional characterization. Thousands of 'hypothetical proteins', 'unique' (i.e. not homologous to any other) gene products, and even partially characterized proteins hide unknown, possibly important functions. In the absence of experimental confirmation, sequence analysis alone never demonstrates a function, and simple homology search is even unable to infer function from sequence for about a third of the gene products in any of the sequenced genomes. On the other hand, a 'brute-force' experimental characterization of whole proteomes would be too expensive and time-consuming. In order to find an alternative to shotgun characterization of gene products with unknown function, we are following a "molecular bioinformatics" approach, combining step-by-step in silico analyses with in vitro and in vivo prediction-driven experiments. This allowed to unravel molecular mechanisms underlying function of rolB plant oncogene (F. Filippini et al., Nature 379:499-500, 1996; V. Rossi et al., ms. in preparation) and of bifunctional phospholipase-chitinase EP3 (R. Picco et al., ms. in preparation); further, work is in progress about characterization of the unique N-terminal domain of SYBL1 (M. D'Esposito et al., Nature Genetics, 227-230, 1996), the molecular significance of MeCP2 mutations in Rett syndrome patients, to attempt a genotype-phenotype correlation (Vacca et al et al. , ms. in preparation) and about comparative analysis of mammalian and plant adaptins and protein tyrosine kinases. Using comparative analysis of mammalian and plant genomes we are searching for evolutionarily conserved "sequence function tags" - such as motifs and even weak homology regions - in order to get suggestions for a 'targetted' experimental approach to the demonstration of function or for the identification of homologous elements. This approach is finally aimed to unravel possibly the deregulation of important functions underlying a genetic diseases or fundamental genes involved in plant and mammalian developmental control. |