Abstract: Modern biological sciences need informatic support to manage and analyze the large amount of structural and functional information about proteins and nucleic acids. The availability of databases and analysis tools, as well as the opportunity to have special purpose methods and software represents an undoubtful advantage for any research team. For this purpose, our group maintains a web site (http://crisceb.area.na.cnr.it) to support molecular biology research offering public domain bioinformatics software, databases, and developing computational methods for protein and nucleic acid analysis. The SRS - Sequence Retrieval System allows our users to query more than 70 databases. Public domain software are also available (CINEMA, WebMol, Phylodendron). Moreover, we are interested to develop new web tools to meet specific research problems. As an example, we have recently realized a tool to search for helix motifs in protein sequences. Another running project concerns the search for 3D similarities among protein structures. The aim of our work is to integrate all these tools, in order to create a real bioinformatics laboratory on the web.

Abstract: La crescita parallela delle tecnologie Informatiche e delle Telecomunicazioni ha sin dalla seconda metà degli anni ‘80 favorito la crescita delle reti Bioinformatiche. La grande quantità di dati, da una parte, e il gran numero di ricercatori interessati a consultare le banche dati biologiche e a svolgere analisi sui dati in esse contenute, dall’altra, ha indotto i ricercatori coinvolti nella gestione dei dati a strutturare reti informatiche. La prima rete Bioinformatica è stata EMBnet (European Molecular Biology Network) costituita nel 1988 su iniziativa del laboratorio Europeo di Biologia Molecolare di Heidelberg (GE) da parte di dodici centri di differente nazionalità europee afferenti al laboratorio stesso. La rete EMBnet rappresenta il primo modello di 'Laboratorio di Bioinformatica distribuito e senza muri'. La finalità di EMBnet è quella di sostenere e far progredire la ricerca nel settore della biologia molecolare e della biotecnologia, nel senso più ampio del termine, attraverso gli sforzi combinati dei rappresentanti di ciascun nodo EMBnet, i quali offrono le loro specifiche competenze a supporto della comunità scientifica. La rete EMBnet attualmente è costituita da trentacinque nodi europei ed extraeuropei. I nodi sono a loro volta classificati in: Nodi Nazionali e Speciale. I nodi nazionali sono centri di bioinformatica, nominati dall’autorità governativa del proprio paese, i quali hanno il compito di fornire alla comunità scientifica accademica e industriale accesso a banche dati di biosequenze e programmi d’analisi, e organizzare corsi di formazione orientati all’utilizzo degli strumenti Bioinformatici. I nodi speciali sono centri di bioinformatica che possiedono delle forti competenze negli aspetti legati allo sviluppo di banche dati di biosequenze e di programmi d’analisi. Nodo Nazionale Italiano EMBnet Il gruppo di Bioinformatica e Genomica, dell’Area di Ricerca CNR di Bari, è responsabile del nodo nazionale Italiano. Il nodo nazionale mette a disposizione dell’utenza, costituita da numerosi laboratori universitari, centri di ricerca pubblici e privati, banche dati primarie di biosequenze (Acidi Nucleici, Proteine), banche dati specializzate e programmi per l’analisi funzionale. Le analisi che i ricercatori possono condurre utilizzando i pacchetti e i programmi d’analisi disponibili presso il nodo nazionale EMBnet sono: Ricerca di similarità tra sequenze e banche dati; Allineamento e multiallineamento di biosequenze; Individuazione di regioni codificanti proteine; Ricerca di elementi funzionali funzionali quali promotori, siti di splicing ecc. ; Predizione di strutture secondarie in sequenze di acidi nucleici e proteine. Evoluzione Molecolare Parte degli strumenti bioinformatici, banche dati e programmi di analisi, (Tabella I) messi a disposizione dell’utenza è il risultato delle attività di ricerca del gruppo. Tutti i servizi forniti dal nodo nazionale sono accessibili per via telematica mediante delle connessioni di lavoro interattive ed utilizzando la rete Internet. Il nodo italiano EMBnet, nell'ambito dell'attività di formazione, organizza periodicamente corsi di formazione presso la sede dell'Area di Ricerca o su richiesta presso le sedi degli utenti.