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1. Brannetti B, Via A, Montecchi-Palazzi L, Cesareni G, Helmer-Citterich M SH3-SPOT: predizione sulla specificita' di riconoscimento dei domini SH3 Meeting: BIOCOMP 2000 - Year: 2000 Full text in a new tab Topic: Abstract: Abbiamo utilizzato SH3-SPOT per effettuare predizioni tra singole sequenze di SH3 e liste di peptidi, proteine o database di proteine (nrl_3d e swissprot). Le predizioni sono in buon accordo con i dati sperimentali ove questi siano disponibili. Il metodo puo' essere utilizzato per predire la specificita' di qualunque proteina di cui siano disponibili: 1) la struttura di almeno un complesso proteina/peptide o proteina/proteina; 2) dati sperimentali di interazione tra proteina e liste di peptidi. Nel caso del dominio SH3, abbiamo attualmente a disposizione 8 strutture di complessi e circa 300 peptidi che si legano ad una ventina di domini SH3. Il potere predittivo del metodo potrebbe aumentare col crescere del database delle strutture o dei dati di phage display. Stiamo attualmente migliorando il programma con il calcolo dell'entropia per "pesare" i residui dell'interfaccia e con la valutazione della lunghezza delle catene laterali dei residui coinvolti nell'interazione nel calcolo della frequenza dei contatti residuo-residuo.Il nuovo programma SPOT verra' applicato all'analisi della specificita' delle molecole MHC e allo studio dell'interazione DNA-proteine. Barbara Brannetti, Allegra Via, Gianluca Cestra, Gianni Cesareni e Manuela Helmer Citterich (2000). SH3-SPOT: an algorithm to predict preferred ligands of different members of the SH3 gene family. JMB in press. |